El Tratado del Pilar, después de una introducción, en la que se deja constancia de que las partes contratantes resuelven poner fin a la guerra, para "concentrar sus fuerzas y recursos en un gobierno federal", contiene doce artículos, cuya síntesis es la siguiente:

1º Las provincias signatarias se pronuncian a favor de "la federación", cuya existencia "de hecho admiten", con la aclaración de que tal pronunciamiento deberá ser confirmado o no por los diputados de todas las provincias, en un Congreso que ha de reunirse en el Convento de San Lorenzo "a los sesenta días contados desde la ratificación de esta Convención".

2º Las hostilidades cesan el mismo día de la firma del tratado, debiendo retirarse "las divisiones beligerantes de Santa Fe y Entre ríos a sus respectivas provincias".
Este segundo artículo, cuyo acatamiento por parte de los federales está condicionado al cumplimiento de las cláusulas de un segundo convenio, al que no se menciona, pues es valor secretamente entendido entre él y Sarratea, que los federales sólo han de retirarse cuando se les cancelen los "gastos de guerra".

3º Los gobernadores de Santa Fe y Entre Ríos, "recuerdan a la heroica provincia de Buenos Aires, cuna de la libertad de la Nación", la difícil situación en que se encuentra la Banda Oriental, invadida por un ejército extranjero, "y aguardan de su generosidad y patriotismo auxilios proporcionados a la orden de la empresa, seguros de alcanzar cuanto quepa en la esfera de lo posible".

4º Establece que las aguas de los ríos Paraná y Uruguay sólo podrán ser navegadas libremente por embarcaciones de las provincias amigas "cuyas costas sean bañadas por dichos ríos".

5º Decreta una amnistía general.

6º Fija ante cualquier diferencia que pueda surgir, respecto de los límites provinciales, será sometida "a la resolución del Congreso General de Diputados".

7º Las partes contratantes admiten, "porque esta medida es muy particularmente del interés de los jefes del ejército federal", que la causa principal de la guerra, la deposición del régimen directorial, "ha sido obra de la voluntad general por la repetición de crímenes con que comprometía la libertad de la Nación, con otros excesos de una magnitud enorme".

8º Declara libre el comercio de armas entre las provincias federales.

9º Ordena la libertad de todos los prisioneros de guerra "después de ratificar esta convención".

10º Aunque las partes contratantes estén convencidas de que todos los artículos arriba expresados son conformes con los sentimientos y deseos del excelentísimo señor Capitán General de la Banda Oriental, don José Artigas, según lo expresado el señor Gobernador de Entre Ríos, que dice estar autorizado por dicho señor excelentísimo para este caso; "no teniendo suficientes poderes en forma, se ha acordado remitirle copia de esta acta para que, siendo de su agrado entable desde luego las relaciones que pueda convenir a los intereses de la provincia de su mando, cuya incorporación a las demás federadas se miraría como un dichoso acontecimiento".

11º Determina las condiciones en que abandonarán la provincia de Buenos Aires las tropas federales, "a las 48 horas de ratificados estos tratados".

12º Por fin, precisa en dos días el término concedido para aquella ratificación, "o antes, si fuese posible".